Да, можно.
Согласно пп.3 п.4 ст.683 НК РК, спецрежим для субъектов малого бизнеса (в т.ч. и упрощенку) не могут применять налогоплательщики, если они имеют:
- обособленные структурные подразделения (филиалы) в разных населенных пунктах;
- объекты налогообложения в разных населенных пунктах.
Казалось бы, поскольку квартира для сдачи в аренду является объектом обложения налогом на имущество, то наличие нескольких квартир в разных городах должно лишить ИП права применять упрощенку.
Однако, в этом же подпункте имеется существенная оговорка: эта норма не распространяется на налогоплательщиков, занимающихся исключительно сдачей в аренду имущества.
Таким образом, ИП вправе применять упрощенку, если он сдает в аренду квартиры в разных городах, и не занимается параллельно другими видами деятельности.
Если помимо сдачи в аренду квартир в разных городах ИП начнет развивать и другое направление бизнеса, он утратит право на упрощенку, поскольку нарушит норму пп.3 п.4 ст.683 НК РК.
В этом случае ему придется перейти на ОУР, поскольку применять спецрежим на основе патента ИП также не сможет.
Несмотря на то, что патент допустим при занятии сдачей недвижимости в аренду (пп.3 п.1 ст.685 НК РК), при сдаче квартир в разных городах и параллельном занятии другим видом деятельности также будет нарушаться требование ст.683 НК РК к применению спецрежимов, а также требование конкретно спецрежима на патенте к отсутствию наемных работников (пп.1 п.1 ст.685 НК РК).