Если работодатель относится к категории обязанных вести бухгалтерский учет, то сумму задолженности следует списать, оформив ее как прочую задолженность, не относящуюся на вычеты по КПН (ст.264 НК РК).
Но не следует забывать и об обязанности уплаты с такой суммы ИПН. Поскольку задолженность с бывшего работника взыскать нет возможности, получается, что работник получил эту сумму в виде дохода. Со стороны работодателя эта выплата будет считаться выплатой в качестве прощения долга физлица (поскольку уволившийся уже не может считаться работником, т.к. трудовой договор расторгнут).
Согласно пп.6 ст.321 НК РК доход работника в виде прощения долга включается в годовой доход физлиц и подлежит обложению ИПН по ставке 10%. Работодатель в качестве налогового агента обязан исчислить и уплатить налог (п.1 ст.350 НК РК).
Поскольку удержать ИПН с дохода уволившегося работника также невозможно, согласно п.5 ст.351 НК РК работодатель может уплатить сумму исчисленного налога из собственных средств. В этом случае его обязанность как налогового агента будет считаться исполненной.