Обратимся к НК РК.
Согласно ст.103 НК РК ошибочно уплаченной суммой налога, платежа в бюджет, пени является сумма, при перечислении которой допущена в т.ч. такая ошибка, как уплата в налоговый орган, в котором налогоплательщик - отправитель денег не состоит на регистрационном учете.
Сумму можно вернуть, либо оформить зачет. Возврат или зачет ошибочно уплаченной суммы налога, платежа в бюджет, пени производится по налоговому заявлению налогоплательщика.
Таким образом, если ТОО оплатило НДС не в свой налоговый орган, то для возврата на свой расчетный счет нужно подать в этот налоговый орган заявление на возврат.
Помочь в составлении заявления на возврат может «Mybuh.kz». Оставьте заявку и мы свяжемся с вами в рабочее время.